Pues la unica manera es con paciencia con el terraformador la herramienta de aplanar y de agregar o quitar terreno son las que mejor funcionan con esto, la pala tambien ayuda bastante.
Cuando te queden agujeros en el agua suele ser por dos razones o queda un pequeño trozo de tierra flotando o digamos lo que seria el bloque de tierra esta a medio quitar. Lo que yo suelo hacer en este caso es con la esfera pequeña del terraformador voy quitando todo y agregando agua hasta que consigo que quede bien si te pasas agregas tierra y hasta que te quede como tu quieres.
En algunos casos bajo el agua es dificil situar el puntero del terraformador si necesitas mas precision puedes colocar un bloque servira de referencia.
Tambien puedes utilizar las piedras grandes para disimular estas burbujas
en esos lagos aunque no se ve bajo las piedras siempre quedan zonas de aire por eso el agua que se ve queda bien.
Well the only way is with patience with the terraforming the tool to flatten and add or remove terrain are the best work with this, the shovel also helps a lot.
When you have holes in the water, it is usually for two reasons or there is a small piece of earth floating or say what would be the block of earth is half removed. What I usually do in this case is with the small sphere of the terraformer I'm removing everything and adding water until I get it right if you spend you add dirt and until it stays as you want.
In some cases underwater it is difficult to place the pointer of the terraformer if you need more precision you can place a reference serving block.
You can also use large stones to hide these bubbles
in those lakes, although you can not see under the stones, there are always air zones, which is why the water that you see looks good. : P